Lo strumento permette di sfruttare le cariche elettriche esistenti in alcune sostanze per individuarle e separarle all'interno di un sistema. Il fenomeno dell'elettroforesi fu descritto per la prima volta nel 1807 da Ferdinand Friedrich Reuss, che osservò la migrazione di particelle di argilla immerse in acqua in presenza di un campo elettrico esterno.
Il primo dispositivo per svolgere l'elettroforesi fu realizzato nel 1937 dal biochimico svedese Arne Tiselius, che grazie alle sue ricerche sull'elettroforesi delle proteine vinse il Premio Nobel per la chimica nel 1948 con la pubblicazione:“The moving-boundary method of studying the electrophoresis of proteins”.
