L'elettroforesi avviene in un fluido, liquido o gel, in cui siano presenti cariche elettriche libere dotate quindi di una certa mobilità. Essa dipende dalle loro dimensioni, dalla carica, dalla natura e dalla loro concentrazione. La mobilità elettroforetica, ovvero la grandezza che quantifica l'attitudine di una sostanza a sottoporsi al trattamento è espressa dalla formula:
μ = v/E, con: v = E*q/f
e dipende quindi dalle seguenti grandezze:
v = velocità di migrazione
E = gradiente di voltaggio del campo elettrico
q = carica della particella
f = coefficiente frizionale del mezzo
